국방부에서 주관하여 선발하는 제도는 특별한 경우입니다. 장교의 선발은 육군ㆍ해군ㆍ해병대ㆍ공군이 각자 자신의 군에 근무할 장교를 직접 선발하는 것이 원칙입니다. 군의 특성이 서로 명확히 다르기 때문에 최초 선발부터 해당 군에서 근무할 사람을 선발하고, 지원자 입장에서도 자신이 희망하는 군을 선택하여 나중에 장교로 임관한 뒤 근무하게 될 부대와 임무, 근무지역을 예상해볼 수 있습니다. 하지만 선발할 인원이 소수여서 각 군이 자체적으로 선발하고 교육훈련하기 힘든 경우이거나 또는 교육훈련의 특성상 국방부에서 통합하여 장교를 양성하는 것이 더 효과적인 경우에는 국방부에서 선발하여 교육훈련을 실시한 이후 각 군으로 임관 및 배치하는 경우가 있습니다.